Die Quantifizierbarkeit des Zusammenhangs zwischen dem Eintrag von Stoffemissionen in die Gewässer und der resultierenden Gewässerqualität ist eine Voraussetzung um die Wirksamkeit von Maßnahmen zur Reduktion der Gewässerbelastung beurteilen zu können. Dieser Arbeitsschwerpunkt hat es  sich daher zur Aufgabe gemacht, Methoden zu entwickeln, zu adaptieren und/oder zu überprüfen mit denen Gewässeremissionen quantitativ ihren Quellen und Eintragspfaden (diffus, punkförmig) zugeordnet werden können. Im Weiteren werden Grundlagen geschaffen um Maßnahmenpläne für den Gewässerschutz zu entwickeln welche nach Kosten-Nutzenüberlegungen ausgelegt sind. Die derzeitigen Arbeiten beschäftigen sich zu einem großen Teil mit den Nährstoffen Stickstoff und Phosphor, die aufgrund der nach wie vor in Fließgewässern aber auch empfangenden Meeren auftretenden Eutrophierungsproblemen eine hohe Relevanz haben. Zudem ist hier auch der Informationsstand am höchsten. In weiterer Folge sollen vermehrt auch andere Stoffe (organische und anorganische Spurenstoffe) durch die Forschung abgedeckt werden.

Laufende Projekte 

STOBIMO-Nährstoffe
Stoffbilanzierung für Nährstoffe auf Einzugsgebietsebene

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STOBIMO-Spurenstoffe
Emissionsmodellierung organischer und anorganischer Parameter in Einzugsgebieten

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Pulkau und Thaya
Einzugsgebietsmanagement für die Pulkau unter Berücksichtigung deren Einflusses auf die Thaya

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Abgeschlossene Projekte

ProFor
Prozessorientierte Forschung über dieSelbstreinigungskapazität von stark belasteten Bächen im Weinviertel und in SüdMähren: Entwicklung eines Leitfadens für nachhaltige Renaturierungsmaßnahmen zur Verbesserung der Wasserqualität
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DaNUbs
Nutrient Management in the Danube Basin and its Impact on the Black Sea
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